ก่อน พ.ศ. 2520 ชื่อกองบริการการศึกษาเป็นชื่อที่ใช้กับงานด้านกิจการนักศึกษา โดยจุดกำเนิดของกองบริการการศึกษาจริงๆ คือ ฝ่ายวิชาการซึ่งเป็นกลุ่มผู้ปฏิบัติงานช่วยรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ แต่ต่อมาในช่วงปี พ.ศ. 2520 มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ได้ปรับปรุงโครงสร้างสำนักงานอธิการบดีใหม่ โดยแบ่งหน่วยงานในสังกัดสำนักงานอธิการบดีเป็น 6 กอง กองบริการการศึกษาเดิมเปลี่ยนไปใช้ชื่อกองกิจการนักศึกษา และได้มีการรวมฝ่ายวิชาการ แผนกคำสอน หน่วยวัดผลการศึกษาและโครงการเสริมการศึกษาและบริการสังคม เป็นหน่วยงานระดับกองโดยใช้ชื่อว่า กองบริหารงานวิชาการ

กองบริหารงานวิชาการในขณะนั้นจึงประกอบไปด้วย 5 งาน คือ งานพัฒนาหลักสูตร งานวิชาพื้นฐานทั่วไป (สองงานนี้ คือ ฝ่ายวิชาการเดิม) งานส่งเสริมการสร้างตำรา (แผนกคำสอนเดิม) งานทะเบียนและประมวลผลการศึกษา (หน่วยวัดผลเดิม) และงานเสริมการศึกษา (สองงานหลังมีฐานะเป็นหน่วยงานฝาก มิได้ขึ้นกับผู้อำนวยการกองบริการการศึกษา แต่ขึ้นตรงต่อรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ)

กองบริการการศึกษามีการปรับปรุงโครงสร้างมาเป็นระยะๆ กล่าวคือ งานทะเบียนและประมวลผลการศึกษาได้จัดตั้งเป็น สำนักทะเบียนและประมวลผลการศึกษา ในปี พ.ศ. 2525 ขณะที่งานเสริมศึกษาได้จัดตั้งเป็น สำนักเสริมการศึกษาและบริการสังคม ในปี พ.ศ. 2529 และในปีนี้เองมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ได้มีการขยายการจัดการเรียนการสอนชั้นปีที่หนึ่งมายังศูนย์รังสิต

มหาวิทยาลัยจึงโอนงานงานวิชาพื้นฐานทั่วไปซึ่งดูแลรับผิดชอบเรื่องการจัดการเรียนการสอนวิชาพื้นฐานทั่วไปสำหรับนักศึกษาชั้นปีที่หนึ่งมาสังกัดกองงานศูนย์รังสิตด้วยและเมื่อมหาวิทยาลัยปรับปรุงโครงสร้างสำนักงานอธิการบดีอีกครั้งหนึ่งในปี พ.ศ. 2548 เพื่อให้สอดคล้องกับแผนการขยายไปศูนย์รังสิตก็ได้โอนงานบริการการศึกษา (งานวิชาพื้นฐานทั่วไปเดิม) ซึ่งสังกัดกองงานศูนย์รังสิตกลับมาอยู่ในกองบริการการศึกษาตามเดิม